Elaboração de banco de dados moleculares de vertebrados através de sequências nucleotídicas extraídas das plataformas NCBI e BOLD

  • Autor
  • David Tavares Martins
  • Co-autores
  • Leonardo dos Santos Sena , Mônica Silva Coelho
  • Resumo
  •  

    Introdução: A avaliação da biodiversidade em áreas naturais é essencial, entretanto, as metodologias tradicionais possuem execução lenta e podem necessitar de métodos invasivos. Logo, o metabarcoding surge como uma alternativa a estes meios ao possibilitar a identificação de múltiplas espécies a partir de caracteres moleculares presentes em amostras de DNA ambiental que consistem em pequenos trechos de DNA com 400 pb pertencentes a genes mitocondriais alvo. Na Amazônia esta técnica ainda é pouco utilizada, portanto é necessária sua implementação no intuito de aprimorar a identificação de espécies da região e auxiliar projetos de preservação. Objetivo: Criar banco referencial de DNA barcode de mamíferos, aves e anfíbios presentes na área próxima à mineradora Norsk Hydro. Métodos: Foram utilizadas referências já descritas para compilar a lista das espécies de mamíferos, aves e anfíbios da área de estudo. As sequências de genes mitocondriais das espécies foram adquiridas a partir dos bancos de dados NCBI e BOLD. Deste modo, a construção da lista de amplicons dos genes mitocondriais foi realizada com uma revisão bibliográfica em busca de literaturas que utilizaram o modelo DNA Barcode para os genes 12S rRNA e Cox-1. Para o gene Cox-1 foram encontrados 9 amplicons, e para o gene 12S foram encontrados 24 amplicons de interesse para o grupo alvo. O alinhamento das sequências FASTA das espécies de vertebrados foi realizado com Geneious.  Resultados e Discussão: Em relação às sequências de mtDNA do gene Cox-1 depositadas nos bancos de dados NCBI e BOLD, foram representadas 83 espécies das 113 de mamíferos, 527 espécies das 540 de aves e 53 espécies das 54 de anfíbios. Dentre os 9 amplicons testados, o par Ln1f e M3r seria o que amplificaria maior quantidade de espécies. Assim, seriam amplificadas 97,5% espécies de mamíferos, 98,8% de aves e 98% de anfíbios. No caso de sequências referentes ao gene 12S depositadas nos bancos de dados NCBI e BOLD, foram representadas 62 das 107 espécies de mamíferos ocorrentes na área de estudo, 92 das 540 espécies de aves e 46 das 54 espécies de anfíbios. Foram testados 8 amplicons para cada grupo de vertebrados. Nos mamíferos e aves o par 12S-V5F-1 e 12S-V5R-1 conseguiria amplificar 98,3% e 75% das espécies, respectivamente. Para os anfíbios 2 pares obteram bons resultados, L25195/H2916 e 12S-V5F-1/12S-V5R-1 amplificariam 93,4% e 95,6%, respectivamente, das espécies representadas. Conclusão: Foi possível identificar possíveis amplicons do gene mitocondrial Cox-1, os quais puderam ser amplificados uma quantidade de espécies muito mais representativa do que encontrados no gene 12S. Quando utilizados em conjunto eles identificariam cerca de 94,43% das espécies, sendo assim, podendo ser de grande utilidade para futuros estudos envolvendo amostras de DNA ambiental.  

     

  • Palavras-chave
  • Metabarcoding; amplicons; DNA mitocondrial; Cox-1; 12S rRNA.
  • Área Temática
  • Genômica e Bioinformática
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