Evidências destacam que as respostas dos sistemas de saúde centradas na Atenção Primária à Saúde (APS) podem propiciar intervenções mais efetivas pela sua capilaridade de base territorial em cenários de crise sanitária na complexidade da Covid-19. Esta pesquisa buscou analisar a percepção de gestores de duas macrorregiões de saúde da Bahia sobre as potencialidades e desafios da APS na pandemia de Covid-19 com o intuito de contribuir para compreensão de elementos que favoreçam respostas intermunicipais centradas na APS para crises sanitárias na complexidade da Covid-19. Tratou-se de estudo qualitativo com a realização de 27 entrevistas semiestruturadas, no período de julho de 2021 a fevereiro de 2022, com gestores estaduais, regionais e municipais do Sistema Único de Saúde (SUS) lotados e selecionadas por conveniência. As entrevistas foram realizadas no formato remoto, guiadas por roteiros com questões que abordavam o planejamento de respostas para a Covid-19; as pactuações e decisões estadual-municipais e intermunicipais; o financiamento de ações e serviços; a infraestrutura e cobertura do sistema regional de saúde; a gestão e organização da rede de atenção; a prestação de serviços e a regulação do acesso a serviços de referência para Covid-19. A partir da análise das falas, nas ações relativas ao planejamento, houve a participação das gestões locais da APS, contudo os planejamentos foram norteados, prioritariamente, por meio de elementos estaduais e federais, e os formuladores de política não instruíram de forma coordenada as ações, sendo as decisões tomadas localmente de acordo com as particularidades das regiões. Ressalta-se que o cenário de divergência sobre as estratégias de manejo dos usuários com Covid-19 impôs como desafios para a gestão municipal a definição de protocolos assistenciais para as unidades da APS. Apesar do reconhecimento da capilaridade e experiência da APS no monitoramento, assistência aos casos e nas ações de imunização, a notoriedade dos cuidados primários no processo de enfrentamento à pandemia na agenda estadual foi tardia. Isso teve como efeito o acentuamento de problemas já presentes na APS e o surgimento de novas demandas. Percebeu-se serviços atuando de forma fragmentada com duplicação de funções, fragilidades nos mecanismos de comunicação, bem como precária informatização dos processos de notificação e monitoramento O papel da universidade pública em fornecer recursos para testagem e capacitação para as equipes possibilitou diagnóstico precoce e apropriação técnica dos profissionais para enfrentamento de um cenário desconhecido. Porém, lidou-se com uma parca cobertura de trabalhadores o que implicou em restrições na prestação dos cuidados em saúde. Esse contexto sanitário de crise apontou a capilaridade e o papel central da APS na mitigação da doença, mas é imprescindível, para a sustentabilidade dessas questões positivas, aprender com as dificuldades e aplicar esse conhecimento em continuidade, favorecendo estratégias como reconhecimento da importância e participação da APS no planejamento para antecipação de infecções graves; reorganização dos processos de trabalhos baseados nas necessidades locais; fornecimento de infraestrutura; organização dos fluxos e comunicação institucional; política de fixação e qualificação de profissionais; estreitamento da comunicação entre os gestores e fortalecimento de uma governança regional.