O presente trabalho consiste em um recorte da pesquisa doutoral intitulada Estudantes de Medicina e a Relação com o Saber: o aprender a ser-médico e os desafios da formação . A partir de uma investigação qualitativa, ancorada pela Teoria da Relação com o Saber de Bernard Charlot, a referida investigação alçou compreender os desafios de aprender medicina, nas diversas etapas do cursar medicina. Os partícipes desta investigação foram estudantes de medicina de dois campi de uma instituição pública federal. Vale destacar, que os campi estudados apresentam diferenças na estrutura curricular e nas metodologias de ensino. Contudo, as narrativas dos partícipes, de ambos os campi, apresentam similaridade, principalmente, no que tange aos desafios do aprender medicina e da formação médica. No que tange ao aprender medicina e os paradigmas formativos, observa-se que o processo de aprender medicina é permeado por complexidades e desafios, perpassando pela urgente interlocução do ensino teórico e a prática em saúde, pela construção novas reordenações da cultura de ensino-aprendizagem que valoriza o saber hospitalocêntrico e organicista em detrimento aos saberes transversais, bem como, a necessária valorização da dimensão dialógica na relação instituição-professor-aluno. Os partícipes apontam que no decorrer da formação é preciso a universidade se atente para questões relacionadas à saúde mental e autocuidado do estudante, tendo em vista, a significativa prevalência de suicídio de estudantes nos cursos médicos, transtornos mentais e uso abusivo de psicotrópicos relacionados às questões de sobrecarga do curso e cobranças para alta performance acadêmica. Retratam que temas sensíveis e complexos são trabalhados de maneira incipiente no decorrer da formação, que pode trazer comprometimento para a saúde mental dos estudantes. No tocante aos marcos formativos, os partícipes revelam o quão se faz necessário a introdução de conteúdos que façam parte da realidade profissional, bem como, a possibilidade de fomentar no currículo uma formação humana e inclusiva.