O Programa Escola Promotora de Saúde da Iniciativa para uma Saúde Acessível (PEPS-ISA), conduzido pela Faculdade de Odontologia da Universidade Federal de Minas Gerais em parceria com a Affordable Health Initiative (AHI), visa intensificar a promoção de saúde de crianças e adolescentes em escolas públicas por meio de um modelo sustentável de intervenções. Este programa busca melhorar o bem-estar físico, mental e social dos estudantes, criando um ambiente escolar saudável e propício ao aprendizado. Este estudo está realizando uma pesquisa de implementação do PEPS-ISA organizada em várias etapas. A construção de uma linha de base está sendo construída através de análises transversais de dados sobre exames clínicos antropométricos e de saúde bucal, de questionários de infraestrutura da escola, de professores, de avaliação de condições socioeconômicas, saúde e hábitos, estilo de vida, impacto da saúde no desempenho escolar e comportamento social dos alunos. Esta linha de base é essencial para monitorar e avaliar a eficácia do programa ao longo do tempo. Atualmente, a pesquisa se encontra na fase de aplicação dos questionários socioeconômicos e de saúde e hábitos, coleta do formulário de infraestrutura das escolas, aplicação dos questionários para os professores e coleta de exames antropométricos e de saúde bucal. Durante a realização desses exames, o banco de dados está sendo automaticamente alimentado. Paralelamente, estão em produção os produtos técnicos. Os facilitadores do processo incluíram o apoio das direções escolares e a participação ativa das famílias e professores. No entanto, a pesquisa também enfrentou desafios, como a logística de aplicação da pesquisa nas escolas e a necessidade de adaptação dos instrumentos de coleta de dados às diferentes realidades escolares. Este trabalho apresentará os facilitadores e desafios da implementação da pesquisa para a construção da linha de base necessária para a aplicação do PEPS-ISA. A pesquisa resultará na produção de um artigo científico e um produto técnico instrucional: um audiovisual descrevendo o PEPS-ISA e o processo de construção da linha de base, proporcionando uma visão abrangente das escolas e dos alunos antes da implementação completa do programa. Esta pesquisa reforça a integração das práticas de saúde e educação, contribuindo significativamente para a promoção da saúde e bem-estar dos alunos.