Analysis of MYC and HER2 Co-Amplification in Circulating Tumor DNA of Breast Carcinoma Patients

  • Autor
  • Isabel Marina Santos Cardoso
  • Co-autores
  • Jadir Castro Corrêa , Catarina Torres Pinho , Sabrina de Lucas Ramos Necy , Priscila Tinoco , Jéssica Manoelli Costa da Silva , Kelly C.S. Oliveira , Danielle Queiroz Calcagno
  • Resumo
  • Background: Breast Carcinoma (BC) is one of the most common malignancies among women worldwide. MYC and HER2 are genes that play a key role in carcinogenesis, which are commonly overexpressed in this pathology. Moreover, some studies demonstrated that they are frequently found co-amplified, which contributes to the tumor development, suggesting an important cross-talk between their signaling pathways. In a minimally invasive way, such genetic alterations can be detected by means of analysis of circulating tumor DNA (ctDNA), a type of cell-free DNA (cfDNA), on patient’s blood.

     

    Aim: The aim of this study was to assess the Copy Number Variations (CNVs) of HER2 and MYC of BC patients and identify their association with co-amplification and clinical pathological features.

     

    Methods: A total of 36 patients with BC were recruited at João de Barros Barreto University Hospital (Belém, Pará, Brazil). Afterwards, samples of whole blood (about 8mL) were collected and processed by centrifugations. The cfDNA contained on platelet-poor plasma derived from this process was isolated by MagMAX™ Cell-Free DNA Isolation Kit, and then quantified by Qubit™ dsDNA HS, both according to the manufacturer’s instructions. Samples that showed higher concentrations of cfDNA (N=11) were submitted to droplet digital PCR (ddPCR), in order to evaluate the number of copies of MYC and HER2. Lastly, the data were analyzed by QuantaSoft and RStudio, using Spearman correlation and Fisher's exact tests for associations among clinical pathological characteristics.

     

    Results: MYC gain was observed in 100% (11/11), whereas 54.5% (6/11) exhibited, simultaneously, HER2 gain. On the other hand, it was not found neither significant association between higher simultaneous prevalence of CNVs in MYC and HER2 (co-amplification) nor between these mutations and worst clinico-pathological features (such as primary tumor size, lymph node invasion, and metastasis).

     

    Conclusion: Thus, our analyses identified only a frequent amplification in both genes in some samples, although without significant associations among clinical pathological features. However, despite being preliminary results, bias due to the low sample size represents an important limiting factor. Therefore, it is evident that further studies are necessary.

  • Palavras-chave
  • Breast Cancer, Co-amplification, ddPCR, MYC, HER2.
  • Área Temática
  • Graduação
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The Graduate Program in Genetics and Molecular Biology (PPGBM), in partnership with the Graduate Program in Oncology and Medical Sciences (PPGOCM), both from the Federal University of Pará (UFPA), will hold the 3rd International Meeting on Oncology Research on November 28 to 30, 2022 in Belém-PA.

The event's main objective is the exchange and consolidation of knowledge in cancer research, providing new perspectives and a broad forum for impactful discussions regarding the development of new diagnostic methodologies, medical segment and treatment applying precision medicine in what is most recent in this field of study. There will be discussions on topics such as: Cancer epidemiology; Molecular diagnosis; Cancer Genomics and Epigenomics; Systems Biology; New therapies in cancer; Clinical epigenetics; Precision Medicine; Bioinformatics in Cancer Research; among other topics.

The target audience of this event is mainly composed of undergraduate students who participate in the areas of Health, Biological and Exact Sciences (biology, biomedicine, medicine, pharmacy, computer science, computer engineering, etc.), university professors, researchers, professionals in the field and the general population.

The event will feature lectures, round tables and minicourses with nationally and internationally recognized names in the area. There will also be space for the presentation of abstracts in poster format and discussion of works.

This third edition of the event will take place at the Benedito Nunes Events Center, located on the campus of the Federal University of Pará (UFPA) in the city of Belém - PA, from November 28th to 30th, 2022.

____________

O Programa de Pós-Graduação em Genética e Biologia Molecular (PPGBM), em parceria com a Pós-Graduação em Oncologia e Ciências Médicas (PPGOCM) ambos da Universidade Federal do Pará (UFPA), realizará o 3rd International Meeting on Oncology Research nos dias 28 a 30 de novembro de 2022 em Belém-PA.

O evento tem como objetivo principal a troca e consolidação de conhecimento na pesquisa oncológica, proporcionando novas perspectivas e um fórum amplo para discussões impactantes no que diz respeito ao desenvolvimento de novas metodologias de diagnóstico, segmento médico e tratamento aplicando a medicina de precisão no que há de mais recente neste campo de estudo. Serão abordados tópicos como: Epidemiologia do câncer; Diagnóstico molecular; Genômica e Epigenômica do Câncer; Biologia de sistemas; Novas terapias no câncer; Epigenética clínica; Medicina de Precisão; Bioinformática na pesquisa em câncer; dentre outros temas.

O público-alvo deste evento é composto principalmente por estudantes de graduação que participam das áreas das Ciências da Saúde, Biológicas e Exatas (biologia, biomedicina, medicina, farmácia, ciência da computação, engenharia da computação, etc.), professores universitários, pesquisadores, profissionais da área e a população em geral.

O evento contará com palestras, mesas-redondas e minicursos com nomes reconhecidos nacionalmente e internacionalmente na área. Também haverá espaço para apresentação de resumos em formato de pôster e discussão de trabalhos.

Esta terceira edição do evento ocorrerá no Centro de Eventos Benedito Nunes, localizado no campus da Universidade Federal do Pará (UFPA) na cidade de Belém – PA, no período de 28 a 30 de novembro de 2022.

 

  • Graduação
  • Pós-graduação

Comissão Organizadora

Ândrea Kely Campos Ribeiro dos Santos – Professora Titular na Universidade Federal do Pará (UFPA). 

Paulo Pimentel Assumpção – Professor Titular na Universidade Federal do Pará (UFPA). 

Giovanna Chaves Cavalcante – Professora visitante vinculada ao Programa de pós-Graduação em Genética e Biologia Molecular (PPGBM/UFPA).

Giordano Bruno Souza – Professor visitante vinculado ao PPGBM/UFPA e com atuação no Laboratório de Genética Humana e Médica (LGHM/UFPA).

Gilderlânio Santana Araújo – Pesquisador em bioinformática vinculado ao Laboratório de Genética Humana e Médica (LGHM/UFPA).

Leandro Lopes de Magalhães – Pesquisador na Universidade Federal do Pará vinculado ao Laboratório de Genética Humana e Médica (LGHM/UFPA).

Eric Patrick Baia da Silva – Engenheiro da UFPA, vinculado ao Laboratório de Genética Humana e Médica (LGHM/UFPA).

Caio Silva – Biólogo da UFPA, vinculado ao Laboratório de Genética Humana e Médica (LGHM/UFPA).

 

Comissão Científica

Ândrea Kely Campos Ribeiro dos Santos – Professora Titular na Universidade Federal do Pará - BRA.

Paulo Pimentel Assumpção – Professor Titular na Universidade Federal do Pará - BRA.

Rui Manuel Reis - Porfessor na Universidade do Minho - POR.

Gregory Riggins - Pesquisador na Johns Hopkins University - EUA.

Alessandro Leal - Pesquisador vinculado ao Delf Diagnostics - EUA.

Tatiana Vinasco Sandoval - Pesquisadora vinculada ao Commissariat à l’énergie atomique - FRA.

Laércio Lourenço - Médico Cirurgião no Hospital Lusíadas - POR

Giordano Bruno Souza – Professor visitante na Universidade Federal do Pará - BRA.

Giovanna Chaves Cavalcante – Professora visitante na Universidade Federal do Pará - BRA.

Leandro Lopes de Magalhães – Pesquisador na Universidade Federal do Pará - BRA.

Geraldo Ishak - Professor Adjunto na Universidade Federal do Pará - BRA.

Sandro de Souza - Professor Titular na Universidade Federal do Rio Grande do Norte - BRA.

Lacy Cardoso de Brito Júnior - Professora Associado na Universidade Federal do Pará  - BRA.

Mauro C. Cafundó de Morais - Professor na Universidade Federal de São Paulo - BRA.

Patricia Ashton-Prolla - Professora Associada na Universidade Federal do Rio Grande do Sul - BRA.

André Khayat - Professor Associado  na Universidade Federal do Pará - BRA.

Carlos Fraga - Professor Adjunto na Universidade Federal de Alagoas - BRA.

Rodrigo Dalmolin - Professor Adjunto na Universidade Federal do Rio Grande do Norte - BRA.

Sidney Emanuel Batista dos Santos - Professor Titular na Universidade Federal do Pará - BRA.

Rommel Mario Rodríguez Burbano - Professor Titular na Universidade Federal do Pará - BRA.

Samir Mansour Moraes Casseb - Professor Visitante na Universidade Federal do Pará - BRA.

Lívia Marques - Professora Visitante na Universidade Federal do Pará - BRA.

Elizabeth Chen - Professora na Universidade Federal de São Paulo - BRA.

Rafaella Sousa Ferraz - Doutoranda vinculada à Universidade Federal do Pará - BRA.

Williams Fernandes Barra -  Doutorando vinculada à Universidade Federal do Pará - BRA.

Marcus Ramos - Professor na Universidade de São Paulo - BRA.

Wilson Costa Júnior - Médico Cirurgião no Hospital A C Camargo - BRA.
 

 

 

 

 

 

 

Coordenadora Principal: Ândrea Kely Campos Ribeiro dos Santos

Email: akelyufpa@gmail.com

Comissão Organizadora

Ândrea Kely Campos Ribeiro dos Santos – Professora Titular na Universidade Federal do Pará (UFPA). 

Paulo Pimentel Assumpção – Professor Titular na Universidade Federal do Pará (UFPA). 

Giovanna Chaves Cavalcante – Professora visitante vinculada ao Programa de pós-Graduação em Genética e Biologia Molecular (PPGBM/UFPA).

Giordano Bruno Souza – Professor visitante vinculado ao PPGBM/UFPA e com atuação no Laboratório de Genética Humana e Médica (LGHM/UFPA).

Gilderlânio Santana Araújo – Pesquisador em bioinformática vinculado ao Laboratório de Genética Humana e Médica (LGHM/UFPA).

Leandro Lopes de Magalhães – Pesquisador na Universidade Federal do Pará vinculado ao Laboratório de Genética Humana e Médica (LGHM/UFPA).

Eric Patrick Baia da Silva – Engenheiro da UFPA, vinculado ao Laboratório de Genética Humana e Médica (LGHM/UFPA).

Caio Silva – Biólogo da UFPA, vinculado ao Laboratório de Genética Humana e Médica (LGHM/UFPA).

 

Comissão Científica

Ândrea Kely Campos Ribeiro dos Santos – Professora Titular na Universidade Federal do Pará - BRA.

Paulo Pimentel Assumpção – Professor Titular na Universidade Federal do Pará - BRA.

Rui Manuel Reis - Porfessor na Universidade do Minho - POR.

Gregory Riggins - Pesquisador na Johns Hopkins University - EUA.

Alessandro Leal - Pesquisador vinculado ao Delf Diagnostics - EUA.

Tatiana Vinasco Sandoval - Pesquisadora vinculada ao Commissariat à l’énergie atomique - FRA.

Laércio Lourenço - Médico Cirurgião no Hospital Lusíadas - POR

Giordano Bruno Souza – Professor visitante na Universidade Federal do Pará - BRA.

Giovanna Chaves Cavalcante – Professora visitante na Universidade Federal do Pará - BRA.

Leandro Lopes de Magalhães – Pesquisador na Universidade Federal do Pará - BRA.

Geraldo Ishak - Professor Adjunto na Universidade Federal do Pará - BRA.

Sandro de Souza - Professor Titular na Universidade Federal do Rio Grande do Norte - BRA.

Lacy Cardoso de Brito Júnior - Professora Associado na Universidade Federal do Pará  - BRA.

Mauro C. Cafundó de Morais - Professor na Universidade Federal de São Paulo - BRA.

Patricia Ashton-Prolla - Professora Associada na Universidade Federal do Rio Grande do Sul - BRA.

André Khayat - Professor Associado  na Universidade Federal do Pará - BRA.

Carlos Fraga - Professor Adjunto na Universidade Federal de Alagoas - BRA.

Rodrigo Dalmolin - Professor Adjunto na Universidade Federal do Rio Grande do Norte - BRA.

Sidney Emanuel Batista dos Santos - Professor Titular na Universidade Federal do Pará - BRA.

Rommel Mario Rodríguez Burbano - Professor Titular na Universidade Federal do Pará - BRA.

Samir Mansour Moraes Casseb - Professor Visitante na Universidade Federal do Pará - BRA.

Lívia Marques - Professora Visitante na Universidade Federal do Pará - BRA.

Elizabeth Chen - Professora na Universidade Federal de São Paulo - BRA.

Rafaella Sousa Ferraz - Doutoranda vinculada à Universidade Federal do Pará - BRA.

Williams Fernandes Barra -  Doutorando vinculada à Universidade Federal do Pará - BRA.

Marcus Ramos - Professor na Universidade de São Paulo - BRA.

Wilson Costa Júnior - Médico Cirurgião no Hospital A C Camargo - BRA.