O uso de genes de referência é um método simples e popular para normalizar dados em Reação em Cadeia da Polimerase quantitativa em Tempo Real (qPCR), a partir de comparações da diferença de quantificação entre um gene de interesse e um gene de referência. Teoricamente, genes de referências ideais devem apresentar funções celulares básicas e ter baixa variabilidade na expressão através dos tecidos e condições experimentais. Sendo assim, a seleção de genes de referência confiáveis é essencial para normalizar e interpretar corretamente os resultados da qPCR. Atualmente, têm sido utilizadas metodologias in silico para identificação de candidatos a genes de referência ideais para cada situação experimental a partir de dados de RNA-seq. O objetivo deste trabalho foi empregar um conjunto de metodologias in silico para identificação de novos genes candidatos a referência em oócitos e blastocistos bubalinos produzidos in vitro. Para tanto, foram utilizados dados de RNA-seq normalizados em Reads Per Kilobase Million (RPKM) para calcular os valores de coeficiente de variação (CV), Maximo fold change (MFC), e o Índice de Gini (IG) a fim de medir a desigualdade nos níveis de expressão de cada gene entre as amostras. Durante a seleção, foram necessárias duas etapas de filtragens dos dados. Na primeira etapa, foram selecionados 184 genes que apresentaram expressão estável entre as amostras, foram considerados genes estáveis aqueles com os menores valores de CV (<3%), MFC (<2) e IG (<1). A segunda etapa consistiu na seleção de 18 genes que apresentaram expressão estável e moderada ou alta entre as amostras, foi definido como valor mínimo o RPKM >40. Do total de 8.649 genes em oócitos e embriões de búfalo, dezoito (NACC2, ZNF106, DDX28, MED4, THUMPD1, IRF2BP2, ELK1, QKl, EFTUD2, RAPGEF1, RAPGEF1, CCNYL1, PJA2, NUP58, GOLT1B, TTC4, GNL3 e PRR14L) apresentaram valores de expressão estáveis e foram selecionados como candidatos a genes de referência, os quais serão validados por meio da qPCR, a fim de contribuir em futuros trabalhos sobre o desenvolvimento embrionário da espécie bubalina.
PALAVRAS-CHAVE: qPCR; RNA-seq; genes de referência.
O objetivo do Evento é disseminar a visão holística das ações universitárias da Instituição nos seus diversos Campi, além de trazer uma mostra das discussões técnico-científica que vêm sendo trabalhada na nossa Universidade para toda sociedade paraense.
Nesta edição debateremos o tema “Ciência, Tecnologia e Inovação na Amazônia Pós-Pandemia”. A escolha do tema tem por finalidade proporcionar à comunidade acadêmica discussões sobre as possibilidades de desenvolvimento da Amazônia no âmbito da Ciência e Tecnologia no contexto pós-pandêmico.
Excepcionalmente o IV INTEGRA UFRA ocorrerá de forma virtual, respeitando as indicações de distanciamento social, em virtude da pandemia por COVID-19. Desta forma as apresentações dos resumos serão de forma assíncronas e palestras serão transmitidas ao vivo, por meio de sessões virtuais.
Comissão Organizadora
Prof. Dr. Allan Klynger da Silva Lobato
Prof. Dr. Fabio Israel Martins Carvalho
Prof. Dr. Allan Douglas Bento da Costa
Dimas Oliveira da Silva
Tatianne Feitosa Soares
Comissão Científica
Prof. Dr. Allan Klynger da Silva Lobato
Prof. Dr. Fabio Israel Martins Carvalho
Prof. Dr. Allan Douglas Bento da Costa
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