METODOLOGIA IN SILICO PARA IDENTIFICAÇÃO DE MICRORNAS NO GENOMA DE BUBALUS BUBALIS

  • Autor
  • Tayná da Silva Santos
  • Co-autores
  • Andreza Farias Almeida , Priscila Di Paula Bessa Santana
  • Resumo
  • Os microRNAs são moléculas curtas de RNA, responsáveis pela regulação da expressão gênica, estão presentes em todos os Eucariotos e em diversas vias metabólicas, podem exercer um efeito sobre a maioria dos processos biológicos básicos como imunidade, metabolismo e desenvolvimento, a desregulação de sua função pode conduzir doenças cardiovasculares e metabólicas. Em decorrência de sua importância, se faz necessário o estudo da composição dos microRNAs para os avanços dos conhecimentos biológicos sobre o funcionamento da expressão gênica em diferentes tecidos e vias de ação. Considerando que os búfalos não possuem conjuntos de dados transcriptômicos suficientes, este trabalho propõe uma metodologia para a identificação in silico de microRNAs com uma abordagem utilizando conjuntos de dados de microRNAs da espécie bovina. O objetivo é elaborar uma metodologia in silico para identificar microRNAs em bubalinos por meio do mapeamento de sequências de microRNAs de bovinos conservados entre as duas espécies. Para isso, foi utilizada a ferramenta de alinhamento de sequências Bowtie2 (http://bowtiebio.sourceforge.net), disponível na plataforma galaxy (http://usegalaxy.org/), para mapear os microRNAs da espécie bovina no genoma do búfalo. Nossa metodologia para análise in silico de microRNA consistiu nas seguintes etapas: 1) seleção do genoma da espécie Bubalus bubalis; 2) seleção dos microRNAs de Bos taurus na plataforma online miRBase; 3) alinhamento dos microRNAs ao genoma de referência; 4) previsão de alvos de microRNAs. No arquivo miRBase selecionado para o alinhamento havia 1064 microRNAs precursores de Bos taurus, espécie filogeneticamente mais próxima do búfalo, dos quais identificamos no búfalo, o total de 29 microRNAs maduros e 14 precursores, a previsão dos prováveis alvos foi obtido na ferramenta MirBAses (http://mirdb.org) e TargetScan (www.targetscan.org). De acordo com os resultados, conclui-se que a metodologia empregada neste estudo tem um grande potencial para identificação de prováveis alvos de microRNAs no genoma do búfalo. O repositório utilizado no presente estudo apresenta dados de microRNAs de várias espécies, incluindo três ruminantes: a espécie bovina com 1064 microRNAs catalogadas, espécie caprina com 436 microRNAs catalogados e a espécie ovina com 153 microRNAs catalogados. Logo, deduzimos que a metodologia empregada não foi eficiente para identificar a totalidade dos microRNAs presentes no genoma do búfalo. É possível que o uso combinado de vários alinhadores e análises de diferentes parâmetros pudesse ajudar na identificação de maior número de microRNAs existentes na espécie bubalina, aumentando assim precisão da qualidade dos resultados de alinhamento. 

  • Palavras-chave
  • bioinformática; pequenos RNAs; expressão de miRNA; regulação gênica.
  • Modalidade
  • Vídeos
  • Área Temática
  • BIOTECNOLOGIA
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