TUMOR-EDUCATED PLATELETS AS A MINIMALLY INVASIVE SOURCE OF BIOMARKERS OF BREAST CANCER DIAGNOSIS

TUMOR-EDUCATED PLATELETS AS A MINIMALLY INVASIVE SOURCE OF BIOMARKERS OF BREAST CANCER DIAGNOSIS

• Author
• João Vitor Amaral Magalhães
• Co-authors
• Juscelino Carvalho de Azevedo Junior , Guilherme Cardoso Almada , Felipe Mateus Souza Serrão , Fernanda Jardim da Silva , Valéria Cristiane Santos da Silva , Tamires Ferreira da Silva , Danielle Queiroz Calcagno
• Abstract

•  

  O câncer de mama (CM) continua sendo a malignidade mais prevalente e a principal causa de morte relacionada ao câncer entre mulheres em todo o mundo. Atualmente, o diagnóstico e as decisões terapêuticas dependem principalmente de biópsias de tecido, que são invasivas e demoradas. Evidências emergentes sugerem que as células cancerosas podem alterar o perfil molecular das plaquetas circulantes, transformando-as em plaquetas educadas pelo tumor (PETs). Estudos recentes demonstraram que as PETs representam uma fonte promissora e minimamente invasiva de biomarcadores complementares em vários tumores sólidos, incluindo o CM. Nosso objetivo foi identificar genes diferencialmente expressos em PETs de pacientes com CM, que poderiam ser potenciais biomarcadores diagnósticos. Dados de RNA-seq derivados de plaquetas foram baixados do Gene Expression Omnibus (GEO) sob os números de acesso GSE68086 e GSE183635, abrangendo 104 pacientes com câncer de mama (CM) e 191 doadores saudáveis. Leituras de baixa qualidade foram filtradas usando FastP, e as leituras de alta qualidade restantes foram alinhadas ao genoma humano (GRCh38.p13 v43) usando Salmon. As leituras alinhadas foram então importadas para o RStudio por meio do pacote Tximport para análise posterior. A análise de expressão gênica diferencial foi realizada usando o pacote DESeq2, considerando genes com |log2FoldChange| > 1 e um valor de p ajustado < 0,05 como expressos significativamente diferencialmente. A análise de enriquecimento de Gene Ontology (GO) foi realizada com o pacote clusterProfiler. Além disso, dados de expressão de tecido tumoral (n = 704) e tecido normal (n = 91) de pacientes com CB foram obtidos do TCGA usando o pacote TCGAbiolinks. Dados de expressão de 18 amostras de microvesículas derivadas de linhagens celulares de CB também foram baixados do GEO (GSE188385 e GSE211556). Curvas ROC (Receiver Operating Characteristic) foram geradas usando o pacote pROC para genes compartilhados entre TEPs, tecido e microvesículas. Na análise diferencial, 5.583 genes foram diferencialmente expressos, dos quais 131 foram regulados positivamente e 5.452 foram regulados negativamente. A análise de enriquecimento GO de genes regulados positivamente destaca processos biológicos como coagulação sanguínea, hemostasia e metabolismo de espécies reativas de oxigênio. Por outro lado, genes regulados negativamente estão associados principalmente ao processamento de RNA, metilação e expressão gênica mitocondrial. Cinco genes foram compartilhados entre TEPs, tecido tumoral e vesículas. Esses genes – H2AC11, H2BC4 e IFI27 – tiveram desempenho moderado para distinguir pacientes com CB de doadores saudáveis ??usando plaquetas (AUC: 0,80, 0,79 e 0,77, respectivamente). Nossos resultados revelaram que H2AC11, H2BC4 e IFI27 expressos em TEPs podem ser um biomarcador potencialmente menos invasivo para o diagnóstico de câncer de mama. Essas descobertas reforçam o papel das plaquetas como uma fonte minimamente invasiva de biomarcadores para o diagnóstico e tratamento do câncer. 

• Keywords
• Tumor-educated platelets, biomarkers, diagnosis, liquid biopsy.
• Modality
• Pôster
• Subject Area
• Molecular Studies

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