ANÁLISES GENÔMICAS DE ISOLADOS DE Burkholderia spp. CAUSADORES DE PODRIDÕES EM BULBOS DE CEBOLA E CONSTRUÇÃO DE PRIMERS ESPÉCIES-ESPECÍFICOS

ANÁLISES GENÔMICAS DE ISOLADOS DE Burkholderia spp. CAUSADORES DE PODRIDÕES EM BULBOS DE CEBOLA E CONSTRUÇÃO DE PRIMERS ESPÉCIES-ESPECÍFICOS

• Autor
• Lucas Nascimento dos Santos
• Co-autores
• Marcelo Henrique Oliveira Gonçalves , Lucas Correia Santana Amancio , Willams José de Oliveira , Flavia Figueira Aburjaile , Marco Aurélio Siqueira da Gama
• Resumo

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  A cebola (Allium cepa L.), ao lado da batata (Solanum tuberosum) e do tomate (S. lycopersicum), compõe o grupo das três hortaliças economicamente mais importantes no mundo. É uma hortaliça bastante significativa para o Nordeste, especialmente para a região semiárida. Dentre as principais doenças da cebola, encontra-se podridão de escamas, causada por diferentes espécies do gênero Burkholderia, doença que pode levar a perdas de produção de até 50%. O estudo destas bactérias é fundamental para que as medidas de controle sejam construídas dentro de um manejo integrado. Deste modo, este trabalho tem como objetivos analisar genomas de Burkholderia spp. disponíveis em bancos de dados públicos e realizar comparações entre estes genomas, no intuito de encontrar proteínas espécie-específicas e consequentemente o gene de cada proteína para a construção de primers eficientes para detecção e identificação das espécies associadas com a doença, através das técnicas PCR convencional e BIO-PCR. Foram utilizados, ao todo, 24 genomas completos disponíveis no NCBI (5 de B. cenocepacia linhagem IIIA, 7 de B. cenocepacia linhagem IIIB e 6 de B. gladioli). Estes genomas foram comparados através da plataforma online OrthoVenn2. Foi possível localizar 16 proteínas únicas para B. cenocepacia linhagem IIIA, 24 proteínas únicas para B. cenocepacia linhagem IIIB e 20 proteínas únicas para B.gladioli. Seis proteínas únicas, sendo duas de cada linhagem ou espécie, foram selecionadas e a sequência do gene de cada uma foi utilizada para o desenho dos primers. Os primers utilizados por Oliveira (2019) também foram incluídos e avaliados no presente estudo, em diferentes condições. Não foi possível observar diferenças entre os parâmetros de amplificação dos primers construídos por Oliveira (2019), mesmo sob diferentes condições de reação. Os primers construídos no presente estudo apresentaram bons resultados in silico e foram enviados para síntese. Através da análise de BIO-PCR com os primers construídos por Oliveira (2019) e com os catafilos macerados foi possível identificar os isolados de B. cenocepacia, linhagens IIIA e IIIB. Trata-se do primeiro protocolo de detecção rápida proposto para a podridão das escamas da cebola no nordeste do Brasil.

   

• Palavras-chave
• Detecção, Fitobacteriologia, Genômica.
• Área Temática
• Agronomia (SEDE)