O Laboratório de Microbiologia Industrial assim como o Laboratório Associado ao Instituto de Pesquisa em Bioenergia tem como objetivo o desenvolvimento de processos fermentativos com a finalidade de produzir moléculas de interesse industrial, como biosurfactantes raminolipidio e surfactina, ácido lático, poliidroxialcanoatos, e ciclodextrinas. O histórico dos dois Laboratórios contempla desde o isolamento, a classificação dos isolados, a otmização da produção por esses isolados, o uso de reatores para escalonamento da produção, assim como o estudo da relação entre essas moléculas para aplicação no setor do agronegócio, farmacêutico, da indústria química, médica, alimentos e do meio ambiente. Os estudos desses insumos estão inseridos nas ODS, através da sustentabilidade, bioeconomia, saúde, materiais e tecnologia , assim como em conhecimentos básicos na fronteira do conhecimento. Essas moléculas vem sendo estudadas desde 1997, com publicações de vários artigos, formação de recursos humanos, inserções de recurso humanos em outras universidades e que atualmente colaboram no desenvolvimento de aplicações e no entendimento do metabolismo envolvido na sua obtenção. Também através dos estudos com as mesmas propiciou o envolvimento de pesquisadores do exterior, assim como a troca de experiência no desenvolvimento e produção dessas moléculas.