O gênero Agave é composto por plantas angiospermas, monocotiledôneas, suculentas e herbáceas, com a maioria de suas espécies endêmicas do México. Além disso, são plantas resistentes à seca, produtivas mesmo com baixa irrigação e com alta concentração de açúcares, o que as torna promissoras para a geração de biocombustíveis em regiões semiáridas. Algumas espécies de Agave são utilizadas para a produção de fibra de sisal, sendo o Brasil o maior produtor mundial dessa fibra, cultivada principalmente no sertão do Nordeste e de extrema importância para a renda e subsistência da população local. No entanto, a ausência de marcadores moleculares para identificação de genótipos de interesse tem dificultado o avanço dessa cultura na região. Microssatélites (SSRs) são marcadores moleculares utilizados na genotipagem de espécies vegetais, mas sua validação in vitro é trabalhosa. O desenvolvimento de uma metodologia para validação in silico de SSRs pode acelerar sua aplicação no campo e economizar recursos destinados à padronização. Neste estudo, foram utilizados dados de ddRAD-seq (double digest restriction-site associated DNA) de 77 indivíduos de Agave sisalana e 18 de híbrido 11648 ((A. amaniensis x A. angustifolia) x A. amaniensis) para prever SSRs polimórficos entre essas plantas. O pipeline desenvolvido consiste no alinhamento de sequências de ddRAD-seq (ou GBS, genotyping by sequencing) em regiões preditas de SSRs no genoma. Essas regiões são passadas para um código em Python, que identifica loci polimórficos com base na presença de inserções ou deleções (indels) dentro das repetições dos SSRs, por meio do cálculo das posições inicial e final desses marcadores. O resultado traz uma tabela com as regiões de SSRs que possuem polimorfismos entre os indivíduos e os primers que as flanqueiam. Aplicando esse pipeline ao nosso conjunto de dados de Agave, identificamos um total de 5.720 e 5.092 regiões em A. sisalana e no híbrido 11648, respectivamente. Em seguida, estabelecemos um critério mínimo de cobertura de 5 leituras, o que resultou na redução para 586 e 602 regiões polimórficas. Dessas, 5 regiões de A. sisalana e 4 regiões do híbrido H11648 foram selecionadas e estão sob testes experimentais por PCR convencional e eletroforese capilar. Após a validação desses primers em amostras de diversos indivíduos, esperamos dispor de um conjunto de ferramentas para distinguir espécies e indivíduos, visando acelerar a produção de Agave no Brasil.
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