A FATEBE é mantida pelo Seminário Teológico Batista Equatorial (STBE) que, por sua vez, é uma tradicional instituição de ensino que tem desenvolvido atividades de formação teológica há 60 anos na cidade de Belém do Pará.

Como 1ª instituição credenciada para o ensino reconhecido da Teologia pelo MEC na cidade de Belém e também entre aquelas IES diretamente ligadas à Convenção Batista Brasileira (CBB), a FATEBE vem formando pessoas engajadas na prática da ação pastoral e missiológica, na militância da educação religiosa, no exercício da reflexão teológica e científico-religiosa, no fomento da prática artístico-musical no culto cristão e em outras áreas.