Com o objetivo de formalizar a experiência didática foi criado o Programa de Aperfeiçoamento de Ensino o qual destina-se a aprimorar a formação de alunos de pós-graduação para a atividade didática de graduação. O Programa de Aperfeiçoamento de Ensino (PAE) destina-se exclusivamente a alunos de pós-graduação matriculados na Universidade de São Paulo nos cursos de mestrado e doutorado.O PAE na FZEA/USP é oferecido semestralmente sendo que para realizar o estágio no 1º semestre do ano, o pós-graduando deve se inscrever no processo classificatório em outubro do ano anterior. Para o 2º semestre, as inscrições ocorrem no mês de maio. O PAE consiste de duas etapas: uma etapa preliminar obrigatória, etapa de Preparação Pedagógica; e uma etapa posterior designada como Estágio Supervisionado em Docência.