A análise de amostras de DNA ingerido (iDNA), DNA ambiental (eDNA) e RNA ambiental (eRNA) representam um campo emergente, permitindo responder questões até então inacessíveis através de metodologias tradicionalmente aplicadas. Suas potenciais aplicações incluem, mas não estão limitadas, a identificação dos taxa presentes em amostras ambientais (solo, água, ar) para acessar a biodiversidade, monitorar espécies, acessar padrões ecológicos, incluindo a composição da dieta e relações tróficas, monitorar impactos antrópicos, restauração florestal, além de possibilitar estudos de paleoecologia, através da análise de material genético presente em diferentes estratos do solo. Porém, alguns desafios ainda necessitam ser superados (taxonomia mal resolvida, bases de referência incompletas, infraestrutura, formação técnica), principalmente em áreas de grande biodiversidade e limitado desenvolvimento econômico.