A bacia Amazônica abriga uma diversidade única de organismos aquáticos distribuídos em diferentes tipos e padrões de águas. Os peixes, répteis e crustáceos são os mais importantes recursos pesqueiros da Amazônia. Tais organismos constituem as principais fontes de proteínas para a população ribeirinha. Atualmente, a média de consumo diário de pescado na Amazônia é 3 vezes superior à média nacional e o dobro do consumo global. Na Amazônia Central, o consumo de pescado é ainda maior. Por exemplo, na região do Alto Solimões o consumo chega a 800 g/dia. Isso é 17 vezes maior que a média mundial. Além de consumo como alimento, esses organismos são amplamente utilizados durante as atividades de lazer. A pesca esportiva e a pesca ornamental são importantes formas de uso do recurso. Mas as principais ameaças aos recursos pesqueiros são: os garimpos, grandes empreendimentos (pontes, hidrelétricas, hidrovias, rodovias, terminais graneleiros, terminais hidroviários), poluição por petróleo e seus derivados, poluição por metais pesados, poluição por lixo doméstico, industriais, pesticidas agrícolas, degradação dos habitats pela remoção de areia e argila para construção civil, entre outros constituem as principais ameaças aos organismos aquáticos na Amazônia. Nesse contexto, os impactos das diferentes formas de poluição serão discutidos, com ênfase nos efeitos sobre aspectos funcionais da interação organismo-ambiente.