A compreensão da complexidade e da dinâmica dos ecossistemas representa um dos maiores desafios na vida de biólogos e outros profissionais que estudam a natureza. Neste sentido, a modelagem de ecossistemas constitui uma ferramenta que pode ajudar no reconhecimento dos padrões de variação dos seus atributos, revelando entre outras coisas, o seu estado de maturidade e capacidade de resiliência. Nesta palestra, serão abordados aspectos relativos à história da modelagem ecossistêmica, metodologias usadas na modelagem trófica de ecossistemas aquáticos e suas potencialidades na elaboração de cenários futuros. Serão apresentados ainda estudos de caso em diferentes ambientes aquáticos realizados no Brasil e no mundo.