Análises transcriptômicas e metatranscriptômicas, as quais utilizam sequenciamento de alto rendimento para obtenção de transcritos para um ou mais organismos, órgãos, tecidos ou linhagens celulares, representam importantes estratégias para diversos tipos de estudos, como levantamento exploratório de genes através da anotação funcional, análise de expressão diferencial, evolução molecular, levantamento de biodiversidade entre outros. Serão apresentados aspectos fundamentais das análises de Bioinformática para dados transcriptômicos e metatranscriptômicos e que envolvem etapas de pré-processamento de reads, montagem de transcritos, anotação funcional e expressão, bem como possíveis aplicações de uso desses dados em organismos não modelo.