Populações adaptadas localmente poderão enfrentar desafios substanciais para sobreviver e prosperar em ambientes alterados pelas mudanças climáticas em curso e por outras alterações promovidas pelo homem. As informações genômicas fornecem uma valiosa fonte de dados para aprimorar nosso entendimento sobre a evolução da adaptação local e seu papel fundamental em moldar as respostas das espécies às mudanças climáticas e às transformações globais e, igualmente importante, sobre as estratégias de conservação que podem ser implementadas para gerenciar de maneira mais eficaz as ameaças que pairam sobre populações ou espécies em risco. Métodos de representação reduzida do genoma são amplamente utilizados em estudos populacionais para (1) inferir como as forças evolutivas moldam os padrões de diversidade intraespecífica e divergência entre populações e (2) para fornecer informações relevantes para conservação e manejo de espécies não-modelo. A genotipagem de SNPs a partir de sequenciamento do transcriptoma (RNAseq), em particular, oferece uma maneira econômica de reduzir a complexidade do genoma, mantendo informações funcionalmente relevantes, para testar os efeitos da seleção natural a habitats distintos. Abordagens denominadas coletivamente de genotipagem por sequenciamento (GBS), por outro lado, são úteis para refinar estimativas de diversidade genética e fluxo gênico entre populações, bem como estimar adequadamente um parâmetro chave para conservação que é o tamanho efetivo populacional.  Nesta palestra, destacarei os resultados de um estudo que investiga se fatores ambientais (i.e. altura da coluna d'água, duração das inundações e abertura do dossel) impostas pelos regimes de inundação explicam a seleção divergente e a expressão diferencial de genes entre os indivíduos de Ischnosiphon puberulus (Marantaceae) de florestas de igapó e de terra firme na Amazônia brasileira. Em seguida, abordarei como temos empregado dados obtidos a partir de GBS para testar o papel de fatores históricos e ecológicos na variação de diversidade entre espécies associadas as cangas da Amazônia oriental e para obter indicadores genéticos que sumarizem informações relevantes para orientar tomadores de decisão em relação ao manejo de várias espécies endêmicas a esse ambiente restrito e prioritário para conservação.