La Universidad Federal de Ouro Preto fue creada el 21 de agosto de 1969, a partir de la unión de las seculares Escuela de Minas y Escuela de Farmacia.

En un principio, la Escuela de Farmacia fue constituida en 1839 en la antigua sede de la Asamblea Provincial, donde se juró la 1ª Constitución Republicana de Minas Gerais. Actualmente, su colegio, direcciones y sectores administrativos se encuentran en el campus de Morro do Cruzeiro, en Ouro Preto, pero los laboratorios y aulas también funcionan en la sede, en el centro de la ciudad. La Escuela de Minas, por su parte, fue fundada por el mineralogista y científico francés Claude Henri Gorceix en 1876, estableciendo la primera institución brasileña dedicada al estudio de la minería, geología y metalurgia, con sede en el centro de Ouro Preto, en el antiguo Palacio de los Gobernadores. Sin embargo, en 1995, la Escuela de Minas también fue trasladada al campus de Morro do Cruzeiro.

A partir de 1970, se puede señalar el desarrollo de numerosas actividades realizadas por el Cedufop (Centro Deportivo de la Universidad), lo que resultó en la posterior implementación del curso de Educación Física a través del programa Reuni (Programa de Apoyo a Planes de Reestructuración y Expansión de las Universidades Federales). Seguidamente, en 1978 se creó el curso de Nutrición y en 1994 se fundó la Escuela de Farmacia en el campus de Morro do Cruzeiro. Todavía en la década de los 70, se puede señalar el inicio del ICHS (Instituto de Ciencias Humanas y Sociales) en Mariana, que hoy alberga los cursos de Historia, Letras y Pedagogía. En 1981, se fundó el IFAC (Instituto de Filosofía, Artes y Cultura) en vista de la demanda de la población por estas áreas. Al año siguiente, en 1982, se construyó el ICEB (Instituto de Ciencias Exactas y Biológicas), responsable principalmente de las disciplinas del ciclo básico de las graduaciones de la Escuela de Minas, Farmacia y Nutrición, y posteriormente asumiendo los cursos de grado en Ciencias Biológicas, Matemáticas, Ciencia de la Computación, Estadística, Física, Química, Química Industrial y algunas disciplinas básicas de los cursos del área de la salud.

En la década de los 90, se empezaron a ofrecer cinco nuevos cursos: el de Derecho, estructurado en 1993, que recibió recomendación de la Orden de los Abogados de Brasil por la concesión del sello de la OAB y el curso de Ingeniería de Producción, creado en Ouro Preto en 1997 y también estructurado en el campus de João Monlevade, en el ICEA, en 2001. En la Escuela de Minas, en 1999, se construyeron los cursos de Ingeniería de Control y Automatización e Ingeniería Ambiental, y el curso de Turismo, promoviendo el desarrollo integrado del mercado turístico de la ciudad. En este sentido, se implementó el curso de Museología en 2008. En el mismo año, la Escuela de Minas incorporó dos cursos más: Arquitectura y Urbanismo e Ingeniería Mecánica.

En 2013 se creó la Escuela de Medicina en el campus de Morro do Cruzeiro, responsable de albergar el curso de Medicina, creado en 2007 y antes acogido junto al Departamento de Farmacia.

A través de la adhesión al mencionado programa Reuni, la UFOP creó una nueva unidad en Mariana, albergando los cursos de Administración, Ciencias Económicas, Periodismo y Servicio Social, en funcionamiento desde 2008 en el ICSA (Instituto de Ciencias Sociales y Aplicadas).

Hoy en día, la UFOP ofrece 51 programas de grado, 4 de ellos a distancia. También se ofrecen 24 programas de maestría y ocho profesionales, 15 programas de doctorado y 10 especializaciones. Con un total de 11 mil estudiantes, cerca de 800 técnicos-administrativos y 900 profesores, la UFOP busca traer la contemporaneidad a una ciudad que es patrimonio cultural, con más de 300 años, al mismo tiempo que reafirma la importancia de la preservación a través de proyectos de recuperación y reflexión, como el Taller de Cantería y el Foro de las Artes, además de las actividades en los museos de Ciencia y Técnica, Museo de Farmacia y el Observatorio Astronómico, importantes centros de conocimiento social y cultural.