O Instituto das Cidades - Campus Zona Leste da Universidade Federal de São Paulo é resultado não apenas da ação do governo federal e da Unifesp, mas sobretudo da mobilização de movimentos sociais da região para a instalação de universidades públicas que atendessem a uma população que hoje supera 4,5 milhões de pessoas. Na década de 1980, com a redemocratização e a ação de base de diversos movimentos, a Zona Leste tornou-se um campo importante de mobilização popular pela democratização. Além das ações em favor da ampliação do acesso à escola básica, da abertura das escolas no período noturno e da democratização da escola (participação de estudantes e comunidades na gestão), os movimentos defendiam a criação de uma Universidade do Trabalhador, inspirada na pedagogia libertadora de Paulo Freire. O Projeto Pedagógico do Campus Zona Leste foi formulado em diálogo com os movimentos sociais da região e influenciado pelas jornadas de junho de 2013, que colocaram em evidência os problemas urbanos e o direito a serviços públicos mais eficientes e a cidades mais justas e democráticas. 

A partir das audiências e debates realizados, a comissão indicada pelo Conselho Universitário da Unifesp (Consu-Unifesp) elegeu o tema “cidades” como pertinente, oportuno e relevante para articular os cursos do futuro campus - os quais não eram oferecidos pela instituição nos outros campi em funcionamento. Assim, ao final de 2013, a comissão definiu por consenso que o Campus Zona Leste deveria abrigar o futuro Instituto das Cidades da Unifesp (IC/Unifesp). Em 2014, o Projeto do Instituto das Cidades foi apresentado e debatido em Seminário nos dias 13 e 14 de fevereiro, com especialistas e representantes de movimentos sociais, que confirmaram sua importância e caráter inovador. A criação do Instituto foi a seguir aprovada por unanimidade na reunião ordinária do Conselho de Graduação, em 19 de fevereiro daquele ano. Em abril, o Ministério Educação manifestou-se favoravelmente ao projeto pedagógico dessa unidade universitária, ratificando a pertinência do tema e do modelo de ensino interdisciplinar proposto. 

Durante os meses de outubro e novembro de 2014, foi realizado um novo seminário para aprofundamento desse projeto, em duas rodadas, totalizando quatro dias de discussão, com 12 colaboradores, sendo cinco internacionais. No início de dezembro, após algumas rodadas de 19 negociação com a Reitoria, o Ministério da Educação, foram definidos os termos de pactuação do Campus (número de cursos, estudantes, professores, técnicos, recursos de custeio, capital e assistência estudantil), aprovada pelo Conselho Universitário e assinada pela reitora em dezembro de 2014. Em 2015, foram desenvolvidos os projetos político pedagógicos de cada um dos seis primeiros cursos, com o apoio de comissão formada por dez professores e coordenada pela ProGrad e a realização de debates públicos temáticos, com mais de cinquenta colaboradores convidados. O planejamento de implantação avançou com a contratação dos Projetos Executivos dos primeiros edifícios e a reforma do edifício de extensão, o primeiro a funcionar no campus. O repasse de vagas de técnicos e professores, contudo, não cumpriu o cronograma pactuado em 2014.

Atualmente, a Unifesp dispõe de um primeiro edifício reformado (com salas de aula, laboratório de informática, biblioteca, salas para docentes e de grupos de pesquisa, administração e secretaria) e um corpo docente de 15 professores doutores, de diferentes formações, concursados em regime de Dedicação Exclusiva, que ao longo dos anos de 2018 e 2019 ofertaram um curso de Pós-Graduação Latu Senso Cidades, Planejamento Urbano e Participação Popular, com viés prático-aplicado de caráter profissional, e criaram um Programa de Mestrado interdisciplinar em Planejamento Urbano e Regional, aprovado no Conselho Universitário da Universidade. Além disso, durante estes anos diversas iniciativas de extensão universitária e grupos de pesquisa vêm se desenvolvendo no Instituto, concomitantemente com a oferta de Unidades Curriculares eletivas multicampi. Em outubro de 2019, o Conselho Universitário aprovou o início das atividades de graduação no IC, com a abertura dos cursos de graduação em geografia (licenciatura e bacharelado), com início em março de 2020. 

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https://www.unifesp.br/campus/zonaleste/