Inicialmente chamado de Seminário Nacional de Capacitação Profissional para o Ensino Religioso, as primeiras oito edições do evento foram realizadas anualmente pelo FONAPER nos seguintes locais: São Paulo/SP (maio de 1997 – em parceria com Universidade São Francisco de Bragança Paulista); Brasília/DF (agosto de 1998 – em parceria com a UnB); Curitiba/PR (outubro de 1999, reunindo participantes procedentes de 29 universidades); Blumenau/SC (novembro de 2000, em parceria com a FURB); Teresina/PI (março de 2001, promovido em parceria com a UFPI); Santos/SP (maio de 2002, promovido com o apoio Unisantos); Curitiba/PR (maio de 2003, em conjunto com a PUC-PR); Maceió/AL (setembro de 2004, em parceria com a UFAL).

A partir da nona edição, o evento passou a ser oferecido a cada dois anos. Em 2006 o evento foi realizado na PUC-SP, abordando o tema Ciências da Religião e Ensino Religioso em diálogo. 

O X SEFOPER foi promovido em Taguatinga/DF, em parceria com a UCB, em novembro de 2008, com o tema Diretrizes Curriculares de Formação para professores de Ensino Religioso.

A partir de 2010, houve uma atualização na nomenclatura do evento, passando a ser chamado de Seminário Nacional de Formação de Professores para o Ensino Religioso. A décima primeira edição realizada nas dependências da UFPB, em João Pessoa/PB, com o tema Diversidade, Direitos Humanos e Ensino Religioso.

Em setembro de 2012, o XII SEFOPER ocorreu em Manaus/AM, em parceria com a Secretaria de Estado de Educação e Qualidade do Ensino do Amazonas (SEDUC-AM), a Secretaria Municipal de Educação de Manaus (SEMED), Secretaria de Estado de Justiça e Direitos Humanos (SEJUS) e a Faculdade Salesiana Dom Bosco (FSDB), cujo tema abordado foi Ensino Religioso – área de conhecimento da educação básica: interfaces com a proposta pedagógica da escola.

Em novembro de 2014, o evento foi realizado em parceria com a Universidade do Estado do Pará (UEPA), abordando o tema Ensino Religioso, Ciências da(s) Religião(ões) e Direitos à Aprendizagem (Cf. http://www.fonaper.com.br/xiiisefoper/).

O XIV SEFOPER foi realizado em São José/SC, em outubro de 2016, em parceria com o Centro Universitário Municipal de São José (USJ), a Universidade Regional de Blumenau (FURB), a Universidade Comunitária da Região de Chapecó (UNOCHAPECÓ), a Associação de Professores do Estado de Santa Catarina (ASPERSC) e a Rede Nacional das Licenciaturas de Ensino Religioso (RELER), com o tema Concepções e Práticas Pedagógicas: desafios a partir da Base Nacional Comum Curricular (Cf. http://www.fonaper.com.br/xivsefoper/).

Em 2018, o evento foi organizado conjuntamente com Universidade Federal do Espírito Santo (UFES) e o Conselho de Ensino Religioso do Espírito Santo (CONERES), com o tema Formação Docente do Ensino Religioso: desafios e perspectivas à luz da BNCC (Cf. https://doity.com.br/xvsefoper).